就全國范圍來講，試驗性的效益審計可以從較大城市開展，如直轄市、計劃單列市和省會城市等。這些地方審計覆蓋面不大，審計資源比較集中，相對來說，財政資金充裕，可選擇審計項目豐富，政府運作較為規范，立法機構態度積極，社會關注和支持的程度也較高。最初的績效審計，選擇項目至關重要。 一般要考慮兩方面的相關因素：一方面是項目的重要性和風險性可能存在較大問題及有較大的可改善空間；另一方面是審計機關力所能及，包括明確的審計目標，適當的評價標準，可獲得的信息和資料，還有足以勝任的審計人員。
研究審計對象和選擇審計項目是很重要的工作，在審計準備階段，要比以往的財務審計增加成倍的調查和分析，才可以把待定的績效審計項目有把握地納入年度計劃并作出審計方 案。公共資源用途廣泛，政府部門職能各異，審計機關只能量力而行對每項績效審計的目標和范圍作出恰當的限定。為了避免出現事倍功半的審計結果，可以選擇一項財政資金使用的某個方面或某個環節，進行專項績效審計，也完全可以在經濟性、效率性和效果性的某一方面有所側重。
本身就沒有績效要求的審計更難取得審計的績效。所以，審計機關的管理層要能夠控制和指導全部審計過程，不使偏離目標和浪費資源，并幫助審計人員適時調整策略和積累經驗。目前績效審計報告的寫法暫無一定之規，通常應首先說明審計的目標、范圍和方法，然后主要報告審計結果，并需要闡明審計的依據和結論，再提出審計建議，有必要還須反映被審計及有關單位的意見。美國統效審計報告準則對報告表述的要求是：完整、準確、客觀和有說服力，并盡可能通俗易懂和簡煉。需要指出的是，與許多國家不同，法律授權我國審計機關對被審計單位下達審計意見書，對審計事項作出評價，并對違法違規行為下達審計決定書，依法給予處理和處罰，績效審計并無例外。那么，直接督促被審計單位改進工作，又向政府、人大報告審計結果，可能成為我國績效審計的一個特點。
我國開展政府績效審計的初期，除了安排一定數量單獨的績效審計項目外，也可以在其他項目里包含績效審計的內容，把績效審計同財政財務收支審計、專項資金審計、政府投資項目審計和經濟責任審計結合起來，同時進行真實、合法、效益的檢查和評價。在其他類型和方式的審計中適當增加績效審計的成分，既可以開拓這些審計的廣度和深度，提升審計成果的質量，又可以突破傳統財務審計方法，培養訓練審計人員。從當前情況看，要重點抓住財政專項資金和重要的政府投資項目。這些資金和項目具有財政投入大，政策性強，社會關注的特點，有的還直接關系到人民群眾的切身利益和社會穩定。而且從以往情況看，由于管理和機制等方面的原因，這些方面存在的問題也不少。由此入手開展績效審計，容易取得新效果，實現突破，摸索積累經驗。
我國各級審計機關隸屬于政府，對本級政府負責并報告工作。因此，績效審計首先必須得到政府和黨政領導的重視和支持，才可能創造一個良好的政治環境。審計機關要進一步通過宣傳做工作，通過工作做宣傳，使黨政領導清楚，績效審計能夠在轉變和優化政府職能、提高公共資源使用效益、服務社會大眾等許多方面，發揮更加積極的作用。審計機關要更主動、密切地聯系人大及有關部門，把效益審計作為一個經常性的匯報和討論的題目。還可以嘗試建立一個專家咨詢網絡，在一些專業性很強的效益審計項目上，及時聽取專家意見，必要時聘請專家參加審計。新聞界會關注績效審計的內容和結果，審計人員要善于通過媒體宣傳審計成果，普及績效審計意識，爭取廣泛的信任和支持。在政府、人大和媒體等各方面的推動下，政府績效審計一定會逐漸走入社會、 走入公眾。
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